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정부 출연연구소들은 산업화 시대 핵심 기술을 개발하며 경제성장의 견인차 역할을 했다. 하지만 2000년대 들어 대학과 기업의 연구개발(R&D) 역량이 높아지면서 출연연의 역할이 모호해졌다는 지적이 끊이지 않고 있다. 지난해 6월에는 정부 산하 25개 출연연구소를 통합 관리하기 위해 국가과학기술연구회가 설립됐다.

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